Arminius lahir di sebuah kota di Belanda bernama Oudewater pada tahun yang sama saat ayahnya meninggal. Ibu dan saudara-saudaranya juga meninggal lima belas tahun kemudian saat tentara Spanyol membantai penduduk kota itu. Arminius yang dibesarkan dan dibiayai kerabatnya, belajar di Universitas Leiden dan melanjutkan pendidikannya di Jenewa dan bersahabat dengan Theodore Beza, penerus Calvin di kota reformasi tersebut..
Sekembalinya dari studi di Italia, Arminius ditunjuk sebagai pendeta di Amsterdam. Pada hari Minggu, dia memulai pelayanannya sebagai pendeta dengan memakai peci-peci itu menjadi lambang kebebasan dan hanya melepas peci itu saat berdoa memohon kehadiran Tuhan pada permulaan ibadah. Dia sadar bahwa orang-orang yang sudah diselamatkan Anak Allah, hanya kembali kepada Pribadi yang sudah mengembalikan kebebasan mereka. Penduduk kota menikmati khotbahnya karena khotbahnya mencerminkan iman masyarakat Belanda yang pemikirannya mengenai Injil telah tertanam secara perlahan-lahan selama kurang lebih dua abad.
Sudah merupakan tradisi bagi para pendeta pada era reformasi untuk berkhotbah dari Alkitab. Maka Arminius memulai khotbahnya dari kitab Roma. Masalah timbul saat dia mengemukakan bahwa "manusia celaka" yang dibicarakan pada kitab itu adalah seseorang yang belum percaya, bukan seseorang yang telah lahir baru, seperti yang dikemukakan Beza. Saat orang yang menentang ajaran teologinya menyebut dirinya murtad, Arminius berkata, "Aku percaya bahwa keselamatan kita datang dari Kristus saja dan kita mendapat iman atas pengampunan dosa dan pemulihan hidup hanya melalui anugerah Roh Kudus."
Posisinya dalam hal "manusia celaka" adalah pendapat yang didukung oleh sepanjang sejarah gereja dan tidak pernah dianggap murtad. Tidak ada kemurtadan, termasuk Pelagianisme, bisa didapat dari hal ini; Pendapat dari ahli teologi modern (contohnya, Beza) bahwa Roma 7 adalah pasal yang berbicara tentang orang Kristen bukanlah pendapat yang dimiliki para pendiri gereja, termasuk Agustinus, pelopor gereja yang sangat dicintai kaum Calvinis.
Dari semua yang dipertahankan Arminius bersama dengan gereja sedunia dapat disimpulkan bahwa kehendak bebas hanya ditemukan dalam orang-orang yang lahir baru, mereka yang mempunyai pilihan untuk mengenal dan menaatinya atau tidak. Orang yang tak percaya tetap dibelenggu oleh dosa. Arminius menguraikan Roma 9. Seorang yang menentangnya menuduh khotbahnya menyiratkan bahwa orang-orang berdosa yang tidak menyesal dihukum hanya berdasar atas dosa mereka. Dengan kata lain, mereka dihukum bukan atas dasar ketetapan tersembunyi yang telah Tuhan berikan sebelum mereka lahir dan berdosa. Penentang yang lain lagi mencelanya karena memberitakan bahwa perbuatan baik tidak pantas menerima pengampunan Tuhan, sementara orang-orang yang beroleh pengampunan harus melakukan perbuatan baik yang dapat mereka lakukan.
Dalam penelitian rinci dan eksposisi beralasannya tentang Roma 9, Arminius mengatakan bahwa doktrin anugerah mengakui manusia sebagai ahli waris anugerah dan menghormati mereka sebagai umat manusia, yang diciptakan segambar dengan Allah. Arminius menentang segala pernyataan yang mengatakan bahwa manusia berdosa adalah suatu tongkat dan batu yang dapat digerakkan secara mekanis. Meski kontroversi merebak di Amsterdam, Universitas Leiden sebagai pusat Humanisme Renaissance, yang sekaligus pusat bahasa dan budaya Belanda menyadari kecermelangan Arminius, lalu mengangkatnya sebagai rektor pada tahun 1603.
Meski dihargai di antara kalangan intelektual, dia ditentang oleh kaum teologi. Dihargai di universitas, Arminius diserang di gereja oleh para pengungsi ultra-Calvinis dari Perancis yang kepercayaannya berbeda dengan iman asli masyarakat Belanda. Penentangan terhadapnya semakin menjadi-jadi sampai akhir hidupnya.
Jelas Arminius tidak menyampaikan kata terakhir dalam Roma 7 dan 9 (atau dalam gagasan yang mengatakan bahwa filsafat adalah dasar yang diperlukan dalam teologi). Tetap saja dia tidak pantas diperlakukan seperti itu. Dia sudah mengatakan bahwa dia hanya ingin "menyelidiki dengan penuh kesungguhan, kebenaran ilahi yang ada dalam Kitab Suci dengan tujuan memenangkan jiwa-jiwa bagi Kristus sehingga dia berkenan di hadapan-Nya."